Минусинск был основан в 1739 году при впадении речки Минусы в судоходную протоку Енисея, как село Миньюсинское (позже Минусинское). Сам гидроним Минуса тюркского происхождения. По одной из версий, название происходит от мин — «я» и су — «вода». Название села является производным от гидронима. По мнению В. Я. Бутанаева, профессора ХГУ им. Н. Ф. Катанова, минь — «живая», су — «вода», что говорило о полезности источника. В 1797 году село Минусинское становится волостным центром. С 1797 до 1804 года все территории бассейна реки Енисей были причислены к Тобольской губернии. Затем, до 1822 года они входят в состав Томской губернии.
После образования в 1822 году Енисейской губернии с центром в Красноярске Минусинск получил статус города и окружного центра. Минусинский округ объединял 4 волости: Минусинскую, Абаканскую, Новосёловскую и Курагинскую. В 1823 году в городе жило 787 человек, из них 156 ссыльных.
В 1898 году стал центром Минусинского уезда (существовал по 1925 год) Енисейской губернии.
В декабре 1925 года город становится центром Минусинского округа — административно-территориальной единицы Сибирского края (краевой центр Новосибирск), существовавшего в 1925—1930 годах. В округ входили 6 районов: Абаканский, Бейский, Ермаковский (Ленинский), Идринский, Каратузский, Курагинский, Минусинский, Усинский. 30 июля 1930 года Минусинский округ, как и большинство остальных округов СССР, был упразднён. Его районы перешли в прямое подчинение Западно-Сибирскому краю с центром в Новосибирске. В конце 1934 года из состава Западно-Сибирского края выделились города и районы, образовавшие Красноярский край. С того момента город Минусинск, как центр Минусинского района, приобрёл нынешний административно-территориальный статус.